TK Indriyasana Pugeran bernaung di bawah Yayasan Dharma Ibu Yogyakarta, yang mana pembentukan yayasan ini diprakarsai oleh organisasi WKRI (Wanita Katolik Republik Indonesia). Pada tahun 1957 WKRI Pugeran membuat TK yang diberi nama “TK Regina 1”, fasilitas ruang 1 kelas dengan jumlah siswa didik sebanyak 25 anak. Adapun guru yang mengampu yakni, bu Jilah, bu Tin, bu Sri, dan bu Isbandiyah. Pada tahun yang sama, TK Regina 1 resmi mendapat pengesahan dan diakui oleh Pemerintah Kota Yogyakarta. Pada tanggal 3 September 1960 nama TK Regina 1 diganti nama TK Indriyasana Pugeran. Guru yang mengampu pada waktu itu adalah bu L.Sadilah dan bu Yogiarti. Pada tahun 1976 ruang kelas bertambah menjadi 2 ruang dengan jumlah siswa didik 70 anak. Nama Pengurus TK yaitu : bu Sukoco dan bu Giyarti. Guru yang mengampu, yaitu bu L. Sadilah, bu C. Suwardinah, bu Sumitri, bu Retno Handayani dan bu Yuningsih. Pada tahun 2002 ruang kelas bertambah menjadi 3 ruang dengan jumlah siswa didik 74 anak. Guru yang mengampu yakni, bu C. Suwardinah, bu RV. Keswani, bu YK. Daliyah, bu Yuningsih, dan bu E.Siti Rahayu.

Pada tahun 2018/ 2019 semester 2 Tahun Ajaran 2017/ 2018 (Januari 2018) sampai dengan akhir tahun 2018 (Desember 2018) Kegiatan Belajar Mengajar dipindahkan ke lingkungan Gedung SD Kanisius Pugeran (meminjam ruangan) karena adanya renovasi gedung panti paroki Gereja Pugeran berakhir pada bulan Desember 2018. Sehingga  semester 2 Tahun Ajaran 2018/ 2019, KBM kembali dilaksanakan di lingkungan TK (Gereja Pugeran) sampai sekarang.

Sekarang tahun pelajaran 2024-2025 jumlah siswa 47 dengan 4 guru dan 1 Kepala Sekolah serta 1 Karyawan. Guru dan Kepala Sekolah serta karyawan TK Indriyasana Pugeran berpendidikan S 1 yang merupakan guru yayasan maupun guru berstatus Pegawai Negeri yang diperbantukan.